Организациона структура Института уређена је Правилником о унутрашњој организацији Института за интелектуалну својину Босне и Херцеговине, који је донио директор Института, уз сагласност Савјета министара Босне и Херцеговине, са 154. сједнице, одржане 11. септембра 2018. године.

Према Правилнику, за обављање послова за које је надлежан Институт установљене су сљедеће организационе јединице, и то:

1. Директор и замјеник директора

2. Сектор за патенте

- Одсјек за националне патенте

- Одсјек за међународне патенте

3. Сектор за знакове разликовања

- Одсјек за жигове

- Одсјек за индустријски дизајн и географске ознаке

4. Сектор за развој система интелектуалне својине

- Oдсјек за информационе системе

- Одсјек за развој система интелектуалне својине

- Одсјек за ауторско и сродна права

5. Сектор за опште, правне и кадровске послове

- Одсјек за опште, правне и кадровске послове

- Писарница

6. Сектор за буџет, финансијске и рачуноводствено-материјалне послове

- Одсјек за припрему, анализу и контролу извршења буџета и извјештавање

- Одсјек за финансијске и рачуноводствено-материјалне послове

Послови за које је надлежан Институт обављају се у сједишту Института у Мостару, те у испоставама у Сарајеву и Бањалуци.

Подаци о запосленима