Organizaciona struktura Instituta uređena je Pravilnikom o unutrašnjoj organizaciji Instituta za intelektualno vlasništvo Bosne i Hercegovine, koji je donio direktor Instituta, uz saglasnost Vijeća ministara Bosne i Hercegovine sa 154. sjednice, održane 11. septembra 2018. godine.

Prema Pravilniku, za obavljanje poslova za koje je nadležan Institut ustanovljene su sljedeće organizacione jedinice, i to: 

1. Direktor i zamjenik direktora

2. Sektor za patente

- Odsjek za nacionalne patente

- Odsjek za međunarodne patente

3. Sektor za znakove razlikovanja

- Odsjek za žigove

- Odsjek za industrijski dizajn i geografske oznake

4. Sektor za razvoj sistema intelektualnog vlasništva

- Odsjek za informacijske sisteme

- Odsjek za razvoj sistema intelektualnog vlasništva

- Odsjek za autorsko i srodna prava

5. Sektor za opće, pravne i kadrovske poslove

- Odsjek za opće, pravne i kadrovske poslove

- Pisarnica

6. Sektor za budžet, finansijske i računovodstveno-materijalne poslove

- Odsjek za pripremu, analizu i kontrolu izvršenja budžeta i izvještavanje

- Odsjek za finansijske i računovodstveno-materijalne poslove

Poslovi za koje je nadležan Institut obavljaju se u sjedištu Instituta u Mostaru, te u ispostavama u Sarajevu i Banjaluci.

Podaci o zaposlenim