Od tada tri zakona su regulirala status ovog instituta. U rujnu 2004. godine donesen je Zakon o osnutku Instituta za intelektualno vlasništvo Bosne i Hercegovine („Službeni glasnik BiH" broj 43/04) kao samostalne državne organizacije.

Proces razdvajanja Instituta prethodnika (BASMP) na tri odvojene državne institucije trajao je do konca 2006. godine. Odlukom od 29. prosinca 2006. godine Institut je preuzeo poslove u području intelektualnog vlasništva koji su se obavljali u Institutu za standardizaciju, mjeriteljstvo i intelektualno vlasništvo Bosne i Hercegovine (BASMP), te od 1. siječnja 2007. godine obavlja poslove za koje je mjerodavan kao samostalna državna institucija.